может быть бред, но я делал так: выкинул все обшивки из багажника, полку и залез туда с фонариком, а на машину лили воду сверху на крышу чтоб по заднему стеклу стекала, у меня оказался уплотнитель в нижнем углу неплотно прилегал.

У меня тоже самое.слово в слово)))я грешу на малые стекла.думаю что через их резинки течет.но пока с проблемой не разбирался.

пробовал лить воду было сухо, а когда дождь лужицы в районе стаканов по бокам

Сними обшивки боковые,и вобще все сними их и посмотри стаканы в каком состоянии. Посмотри еще места где крыло приваривается к полу.там тоже может быть дырочки маленькие,

Когда нанесение герметика на края уплотнительной резинки не дало результата, то делал почти как А.Подкопаев: лил воду и смотрел снизу (через открытую крышку багажника). Оказалось, что течет сквозь сварной шов в верхнем углу водосточного желоба (что под крышкой багажника). Герметизировал с помощью кусочков гибкой черепицы ("Шинглас") и термопистолета