Лучше просто поменять панель крыши.А если резать стойки,то надо вваривать куски квадратной трубы,чтоб после установки крыши не нарушилась жесткость.Вообще,замена крыши с другой машины,достаточно большой геморрой-в первую очередь по разметке и обрезке.
http://vaz2101.ru/forum/viewtopic.php?f=20&t=3402..
но здесь средние стойки срезаны, а вообще лучше и их задействовать.
Трубы лучше пускать по диагонали.